Akibat aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang dibatasi tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta pada Indonesia yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, mengarahkannya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas terkemuka di Amerika Serikat, meskipun ia memiliki prestasi tinggi di sekolah menengahnya.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Rumah kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh lembaga intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepakbola, tim debat, dan catur, serta menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Patut dicatat, selama waktu ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
